Meines Wissens sind die Abonenntenzahlen immer nur auf die User der jeweiligen Instanz bezogen, weil die anderen Instanzen gar nichts davon wissen, wenn User auf anderen Instanzen sie abonnieren. Die wissen nur, dass die Community mit einer anderen Instanz synchronisiert wird.
ETA: Übrigens, wenn eine Instanz eine Remote-Community zum ersten Mal abfragt, werden rückwirkend nur die letzten 20 Posts von dieser geholt, nicht aber Kommentare und Votes zu diesen. Erst wenn ein lokaler User die Community abonniert, wird sie fortlaufend synchronisiert.