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Le but n'est pas de rajouter une surcouche, mais de "remplacer" le réseau existant. Le projet n'en est encore qu'à l'étape de preuve de concept, donc pour l'instant fonctionne comme une surcouche afin d'en simplifier l'utilisation. Car pour remplacer l'existant, il faudrait interconnecter les noeuds Yggdrasil directement entre eux, ce qui freinerait grandement l'avancée du projet.

Pour répondre à ta question, le chiffrement est fait en amont de la couche TCP/UDP, dans les couches basses. C'est la carte réseau qui va chiffrer les données avant de les envoyer via TCP ou UDP. L'avantage étant que l'on peut réutiliser les couches supérieurs "telle qu'elle", sans rien avoir à modifier.